У 1998 році «Оболонь», першою у харчовій галузі України, отримала сертифікат на систему управління якістю ISO 9000. Подія змінила філософію ведення бізнесу корпорації, її організаційну культуру і запровадила систему тотального управління якістю продукції.
На даний час в корпорації сертифікована і діє версія стандарту ISO 9001:2008. ISO 9001 – потужний інструмент в управлінському арсеналі компанії і дієвий маркетинговий механізм. ISO 9001 не є обов'язковим. Ця система носить рекомендаційний характер. Сертифікацію за стандартом ISO здійснюють спеціально акредитовані організації з сертифікації. «Оболонь» на постійній основі співпрацює з компанією DEKRA Certification Kft (Німеччина).